Конохамару Сарутоби просит Наруто помочь в поисках легендарного тёмно-красного четырёхлистного клевера, который, по слухам, может исполнить любое желание. А желание у Конохамару одно — остановить отъезд своей возлюбленной Каэдэ Ёсино. Ситуация осложняется и тем, что уникальный клевер растёт лишь в запретной зоне. Но двое друзей всё же отправляются в полное опасностей путешествие.
Наруто решает принять участие в состязаниях ниндзя, в которых новички получают шанс схлестнуться со своими наставниками. Пытаясь сосредоточиться, Наруто становится одержим противостоянием с Какаси Хатакэ.
Однажды демон напал на деревню, в которой родился мальчик Наруто. Чтобы остановить демона, глава поселения запечатал его внутри Наруто, но сам при этом погиб. Прошли годы. Наруто вырос, став гиперактивным и очень тупым ниндзя. Он всё ещё живёт в родной деревне, где его не особо любят и стараются избегать.
На родную деревню Наруто нападают ниндзя-изгои и захватывают в заложники местных жителей. Цель нападавших — эликсир Вода героя, который на короткое время увеличивает чакру в 10 раз. Поскольку Какаси Хатакэ находится в отъезде, Наруто и его друзьям придётся самим разобраться с врагами.
В мире Наруто незаметно пролетели два года. Бывшие новички пополнили ряды опытных синоби в ранге тюнин и дзёнин. Главные герои не сидели на месте – каждый стал учеником одного из легендарных Саннин – трех великих ниндзя Конохи. Парень в оранжевом продолжил обучение у мудрого, но эксцентричного Дзирайи, постепенно восходя на новую ступень боевого мастерства. Сакура выдвинулась в помощницы и доверенные лица целительницы Цунадэ – нового вождя Деревни Листвы. Ну а Саскэ, чья
Человек в маске, представленный зрителю как Учиха Мадара, решает завладеть силой девятихвостого, для чего проникает в Коноху, где сталкивается с Наруто и Сакурой. С помощью силы глаз использует технику «Цукиёми», которая погружает героев в параллельную реальность, где всё наоборот, родители Наруто живы, Сакура дочь героев деревни, Саске никуда не уходил, Акацки защищают Коноху, и всё кажется идеально. Вот только тот ли это мир, который хочет защитить Наруто, его ли это
