Главный герой – покемон Мьюту, созданный в секретной лаборатории для уничтожения человечества. Узнав об этой миссии, он восстаёт против своих создателей.
Коко растет в джунглях под опекой отшельника Заруда. Он знакомится с Сатоси и Пикачу и узнает о мире людей, а также об опасности, которая грозит его дому.
