Однажды в нашем мире открылся проход в чужую вселенную, сквозь который прорвались два существа, обладающие невероятной силой. Сражаясь, чудовища уничтожили друг друга, оставив после себя лишь таинственную колонну темной материи и вопросы без ответов...Спустя двенадцать лет дети двух ученых, изучавших портал между мирами, отправляются на поиск исчезнувших родителей. На призрачном поезде Аи и Ю попадают в чужой мир. Здесь к ним присоединяются путешественница Лиза, а чуть позже
Воздушный флот организации WILLE успешно проводит парижскую операцию: отбивается от армии беспилотных роботов, активирует гигантский уплотнительный столб, восстанавливает город и заполучает боеприпасы и запчасти «Евангелионов». А в это время потерявший волю к жизни из-за смерти Каору и чуть было не устроенного им самим Четвёртого удара Синдзи вместе с Рэй послушно следует за Аской, и вскоре троица оказывается в Третьей деревне — восстановленном поселении, где люди пытаются
Синдзи приходит в себя после комы, в которую он впал, пытаясь спасти Рэй из поглотившего её Ангела. Мало того, что на парня надет сдерживающий ошейник, так ещё и Мисато, Аска и другие теперь сражаются на стороне организации WILLE против NERV. Оказывается, что после Третьего удара прошло уже 14 лет, но из-за так называемого проклятия «Евы» пилоты «Евангелионов» остались подростками. Хотя Мисато утверждает, что Рэй больше не существует, та прорывается на новом боевом роботе
Устроенная правительствами ведущих держав торговая блокада государства роботов становится предвестником будущего вооружённого столкновения и последней в истории войны, знаменующей конец человеческой и воцарение на планете машинной цивилизации.
Файл 12-1 исторического архива Зиона освещает события, приведшие к первому массовому геноциду машин людьми, что в свою очередь стало причиной учреждения выжившими и изгнанными роботами независимого машинного государства, начавшего экономическую экспансию в мир людей.
