В центре сюжета - начало карьеры офицера Альянса Джеймса Веги. Джеймс приходит в элитный отряд спецназа Альянса в начале борьбы с таинственной угрозой, известной как Коллекционеры. Состоя на службе в отдалённой звёздной системе, Джеймс Вега и его напарники должны защитить граждан колонии от вторжения неизвестных, которые пытаются похитить людей.
Освободившись от своих обязанностей в подразделении 501, Мотоко Кусанаги теперь должна научиться принимать приказы от Арамаки. Кто-то взламывает системы защиты госбезопасности, и Бато обращается за помощью к бывшему офицеру военной разведки Исикаве и бывшему эксперту по воздушной артиллерии Борме. Кусанаги также стремится заручиться помощью снайпера Сайто и тайного агента полиции Паза в новом отряде 9-го отдела госбезопасности. Между двумя группами возникает соперничество.
