В недалеком 2029 году сети и компьютеры развились до того, что появилась возможность создавать высокотехнологичных киборгов с полной интеграцией в Сеть. Главная героиня Кусанаги Мотоко - киборг, с человеческим разумом внутри кибернетического тела, майор Девятого отдела, созданного для спецопераций правительства.В Сети объявляется некий Кукловод, манипулирующий людьми через ту же Сеть, заставляя их действовать в его интересах. Его поимкой и занимается Девятый отдел. Но не все
Брокер, а возможно, и создатель вируса изменяющего память, приезжает в Японию и использует его, чтобы уничтожить целую авиакомпанию, убив всех находившихся на борту. Майор и ее команда организуют операцию по поимке так называемого Пироманьяка.