В далёком будущем Земля была уничтожена пришельцами гауна. Выжившие земляне скрылись в глубинах галактики на специальных космических кораблях, которые заменили им дом. Один из таких кораблей под названием «Сидония» уже много лет дрейфует в космосе. Вскоре членам экипажа предстоит вступить в битву с инопланетным врагом, чтобы защитить последнюю надежду человечества.
Академия Кросс славится строгими и странными порядками: ученики посещают занятия посменно. Днем - обычные студенты, после захода солнца - элитный ночной класс, холеные красавцы в ослепительной белой форме. Разумеется, школьникам не следует знать, что ночные учащиеся - вампиры.Для того, чтобы сохранить тайну и обеспечить безопасность дневного курса, приемные дети ректора академии (удочеренная им Юки и взятый на воспитание сирота Зеро) исполняют обязанности старост. От них
Юкио, Рин и Сиэми отправляются на задание по уничтожению поезда-призрака, который терроризирует окрестности Тру-Крос-Тауна, похищая души людей, по ошибке севших в него.
Путешествие Рико и Рега продолжается. Они многому научились у Озен, но впереди их ждут ещё большие опасности, которые могут оборвать их путь, и неожиданные друзья. Они приближаются к такой глубине Бездны, где искатели приключений рискуют потерять даже человеческий облик.
Будущее. Современные технологии позволяют людям загружать своё сознание в киберпространство, пока их тела хранятся в специальном бассейне. Однажды все, кто загрузил сознание в киберпространство, впадают в кому или погибают. После этого инцидента парень Рема посещает пустую квартиру сестры Сики, которая также использовала данную технологию. Вскоре Сики появляется на пороге, лишённая всех воспоминаний о семье и прошлом.
Два заклятых врага Герой и Король Демонов ведут вечную ожесточенную борьбу. Однажды их магия пробивает границу между мирами и взрывается в классе одной старшей школы. Все погибшие ученики перерождаются в другом мире. В их числе и Кумоко, которая стала паучихой и теперь вынуждена выживать в новых для неё условиях.
Рико, Рег и Нанати продолжают путешествие вниз по Бездне. Они проходят через Сад цветов стойкости и спускаются на пятый уровень. Там они оказываются на пороге Идофронта — последней базы людей в Бездне. Это самое глубокое место, откуда ещё можно вернуться на поверхность. Их встречает Прушка — приёмная дочь Бондруда, того самого Белого Свистка, который проводил бесчеловечные эксперименты над Нанати, Митти и другими детьми. Вскоре Бондруд лично выходит поприветствовать их и
Фанат супергероев Идзуку Мидория разрушил свою мечту поступить в академию супергероев и стать следующим Всемогущим — величайшим героем. Но после случайной встречи с самим Всемогущим Мидория клянется работать изо всех сил, чтобы стать символом и маяком надежды для всего мира.
