Человечество уже 1000 лет не осквернят мир своим присутствием, поэтому там царят спокойствие, безмятежность и красота — разумные роботы ухаживают за деревьями и берегут природу. Но однажды два сельскохозяйственных робота обнаруживают капсулу с человеческим детёнышем и решают тайно вырастить находку, а поскольку вера в людей в Эдеме-3 жестоко карается, им приходится бежать в общину, где живут инакомыслящие роботы. Через несколько лет подросшая девушка Сара задается
С виду 17-летний Куро Кумогакурэ — обычный бездельник, который все дни напролёт проводит в обветшалой квартирке, периодически воруя пиво у соседа. Но на самом деле Куро — ниндзя, которому тайное правительственное агентство поручает смертельно опасные задания. На этот раз Куро необходимо под видом старшеклассника проникнуть в обычную школу.
События фильма разворачиваются через год после Четвертой мировой войны. Киборг-хакер экстраординарный Мотоко Кусанаги из 501-го секретного военного подразделения оказывается вовлечен в расследование событий, связанных с разрушительной бомбардировкой.
Мотоко и Бато пытаются остановить террористическую организацию, символом которой является Сцилла. Тем временем Тогуса расследует убийство человека, который носил протез ноги, изготовленный корпорацией «Нога Русалки».
Мечтая изменить мир к лучшему, парень Акуто Саи поступает в магическую академию Constant. Однако вскоре выясняется, что Акуто предсказано стать королём демонов. Окружённый красивыми девушками парень полон решимости изменить судьбу, но каждым своим действием он лишь подтверждает предсказание.