В недалеком 2029 году сети и компьютеры развились до того, что появилась возможность создавать высокотехнологичных киборгов с полной интеграцией в Сеть. Главная героиня Кусанаги Мотоко - киборг, с человеческим разумом внутри кибернетического тела, майор Девятого отдела, созданного для спецопераций правительства.В Сети объявляется некий Кукловод, манипулирующий людьми через ту же Сеть, заставляя их действовать в его интересах. Его поимкой и занимается Девятый отдел. Но не все
После гибели под колёсами поезда метро подросток Кэй Куроно становится частью посмертной игры, в которой ему и другим недавно погибшим людям придётся выслеживать и убивать пришельцев. Каждая миссия может закончиться окончательной смертью охотников, а на смену погибшим придут новые ганцеры.
Близнецы Касугано потеряли родителей в автокатастрофе. Близких родичей рядом не было, потому 16-летний Харука, как мужчина, принял ответственность за оставшуюся семью – себя и сестру Сору. В горьких, но необходимых хлопотах парень окреп, возмужал и смог как-то справиться, но начал серьезно беспокоиться за Сору, с рождения слабую и болезненную, по этой причине замкнутую и нелюдимую. Жить в городе было не на что, и Харука принял решение: пока прорабатываются вопросы с
Иори - стильный, но не очень прилежный молодой человек, одержимый странной даже для него страстью к Юки - его собственной сестре. С ранних лет он видит в ней не сестренку, а невесту и женщину, которую только и мог бы любить. Его чувства к ней весьма двойственны и нестабильны - он ее и ревнует, и боится обидеть, и обижает, прибывая в ослеплении своей страсти.
Брокер, а возможно, и создатель вируса изменяющего память, приезжает в Японию и использует его, чтобы уничтожить целую авиакомпанию, убив всех находившихся на борту. Майор и ее команда организуют операцию по поимке так называемого Пироманьяка.
Освободившись от своих обязанностей в подразделении 501, Мотоко Кусанаги теперь должна научиться принимать приказы от Арамаки. Кто-то взламывает системы защиты госбезопасности, и Бато обращается за помощью к бывшему офицеру военной разведки Исикаве и бывшему эксперту по воздушной артиллерии Борме. Кусанаги также стремится заручиться помощью снайпера Сайто и тайного агента полиции Паза в новом отряде 9-го отдела госбезопасности. Между двумя группами возникает соперничество.
Мотоко и Бато пытаются остановить террористическую организацию, символом которой является Сцилла. Тем временем Тогуса расследует убийство человека, который носил протез ноги, изготовленный корпорацией «Нога Русалки».
