Накануне 16-летия неуверенная в себе девушка Аканэ по поручению мамы отправляется в магазинчик сувениров, чтобы забрать свой подарок. Когда она обнаруживает, что её рука идеально совпадает со странным отпечатком в камне, к вящему удивлению хозяйки магазина Ти из подвала вдруг вылезает незнакомый мужчина. И заявляет, что он — алхимик по имени Гиппократ, а Аканэ должна последовать за ним и его крохотным помощником Пипо в другой мир, чтобы спасти чудесную страну от гибели.
Лидер команды «Р» Джованни находит Мьюту в тихом и удалённом месте под названием Джото. Чтобы заманить Мьюту в ловушку, принимается решение захватить в плен нескольких покемонов-клонов.
Главный герой – покемон Мьюту, созданный в секретной лаборатории для уничтожения человечества. Узнав об этой миссии, он восстаёт против своих создателей.
Приключение перерастает в сражение: на сцену выходит Мьюту - покемон, созданный био-инженерией из ДНК Мью, редчайшего из всех покемонов. Стремясь доказать свое могущество, Мьюту заманивает Эша, Пикачу и остальных на невиданный в истории матч покемонов. Мьюту против Мью. Супер-клоны против покемонов. Это - решающее сражение, и от его исхода зависит судьба мира!
