Синдзи приходит в себя после комы, в которую он впал, пытаясь спасти Рэй из поглотившего её Ангела. Мало того, что на парня надет сдерживающий ошейник, так ещё и Мисато, Аска и другие теперь сражаются на стороне организации WILLE против NERV. Оказывается, что после Третьего удара прошло уже 14 лет, но из-за так называемого проклятия «Евы» пилоты «Евангелионов» остались подростками. Хотя Мисато утверждает, что Рэй больше не существует, та прорывается на новом боевом роботе
Частная «Академия Священного Леса» впервые сталкивается с таким учителем как Эйкити Онидзука, а он, кажется, не очень-то хорошо знаком со своими непосредственными обязанностями и готов продемонстрировать на практике весьма радикальные педагогические методики.
2015 год, Токио-3. 15 лет назад произошёл Второй удар, в результате чего Антарктида растаяла, Землю накрыла глобальная катастрофа, и большая часть человечества погибла. Теперь планету атакуют Ангелы — загадочные существа, противостоять которым могут только созданные с помощью биотехнологий гигантские роботы серии «Евангелион». 14-летний Синдзи Икари направлялся на встречу с отцом, руководителем влиятельной организации NERV, когда Токио-3 подвергся нападению Ангела. С помощью
Победив последнего Ангела, NERV сталкивается с более зловещей угрозой: пока Гэндо Икари начинает подготовку к Третьему удару, на их подземную штаб-квартиру нападают боевики Seele. Рэй сливается с Лилит, а Синдзи предстоит сделать выбор — продолжит человечество существование или нет.
