12-летняя Анна — замкнутая и необщительная девочка. У неё нет друзей, и единственная её отдушина — это рисование. Из-за слабого здоровья Анну отправляют на лето в небольшой городок на Хоккайдо. Там она встречает Марни — девочку, живущую в большом богатом доме на отмели. Постепенно они становятся хорошими друзьями.
Маленькая любопытная рыбка Поньо — дочь колдуна и прекрасной морской богини — уплывает из дома, чтобы понаблюдать за жизнью людей. Поньо застревает в банке и оказывается выброшенной на берег. Её подбирает пятилетний Сосукэ. Малыши привязываются друг к другу, и теперь у Поньо только одно желание — стать человеком.
