После эпидемии вируса «Апокалипсис» в 2029 году Страна Восходящего солнца оказалась банкротом и попала под внешнее управление. Частная организация GHQ, неизвестно откуда пришедшая к власти, ввела военное положение и безжалостно подавляет любую оппозицию. Тем не менее, даже десять лет спустя Токио регулярно сотрясают крупные и мелкие теракты, а ряды борцов Сопротивления лишь пополняются. Нежданно-негаданно в них попадает 17-летний Сю Ома, тихий парень, любитель видеомонтажа.
Действие разворачивается в параллельном мире, где наука спетена с магией, и сверхъестественные способности давно никого не удивляют. Их носители делятся на две категории: эсперов, которые в результате направленной мутации получили один, пусть и мощный дар, и магов, которые могут быть слабее, но диапазон возможностей у них куда шире. Юных эсперов со всей Японии собирают в единый образовательный центр – город под названием Академия. Там и учится Тома Камидзё. Дар у парня
16-летний Сидо Ицука в раннем детстве остался без родителей и теперь вместе с младшей сестрой Котори обитает в пригороде Токио. Однажды из-за сестры Ицука оказался прямо в эпицентре катаклизма и узнал, что неведомые Духи являются на Землю.
Воздушный флот организации WILLE успешно проводит парижскую операцию: отбивается от армии беспилотных роботов, активирует гигантский уплотнительный столб, восстанавливает город и заполучает боеприпасы и запчасти «Евангелионов». А в это время потерявший волю к жизни из-за смерти Каору и чуть было не устроенного им самим Четвёртого удара Синдзи вместе с Рэй послушно следует за Аской, и вскоре троица оказывается в Третьей деревне — восстановленном поселении, где люди пытаются
